Il comune di Rovigo si estende tra il fiume Adige a nord e il Canal Bianco a sud, ad eccezione della frazione di Fenil del Turco che è situata a sud del Canal Bianco; si trova a circa 40km a dalla costa del mare Adriatico.
Il territorio è estremamente pianeggiante e l'altitudine varia tra i 5 e gli 8 metri sul livello del mare. È attraversato dal naviglio Adigetto, il cui tratto urbano è stato per gran parte coperto, e da numerosi canali artificiali, il più importante dei quali è lo scolo Ceresolo. Il terreno è molto fertile e adatto in particolare alla coltivazione del mais e di prodotti orticoli di qualità. Sul Canal Bianco si apre il porto di Rovigo, diventato operativo nel 1998.
L'urbanizzazione di Rovigo si è estesa fino a comprendere le frazioni di Granzette e Boara Polesine a nord, Sarzano a est, Borsea a sud, Roverdicrè a ovest. Le frazioni di Concadirame, Fenil del Turco, Grignano Polesine e Sant'Apollinare sono centri abitati isolati. Circa il 6% dei residenti nel comune abita in nuclei isolati di dimensioni minori, tra i quali i più importanti per popolazione ed estensione sono le località di San Sisto e Ca' Bianca.[2] Pur facendo parte del territorio del comune di Rovigo, la frazione di Buso contribuisce alla formazione del centro abitato di Villadose insieme con alcune località del comune di Ceregnano, mentre la frazione di Mardimago è analogamente contigua al centro abitato di San Martino di Venezze.

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