Situata nella pianura salentina a ridosso del Mar Adriatico, è dotata di un porto naturale, una ria che si incunea profondamente nella costa, importante per i collegamenti con Grecia, Turchia e Albania. Il traffico mercantile concerne carbone, olio combustibile, gas naturale, prodotti chimici. Il porto si articola su tre bacini: interno, medio ed esterno. Nel porto interno sono attive, nel seno di Levante, undici banchine, per uno sviluppo di 1.925 m con fondali da 8,5 a 10 m. Il porto medio è principalmente destinato alle attività commerciali.
Le banchine di Costa Morena si sviluppano per 1.170 m, con profondità di 14 m e piazzali per 300.000 m². Lungo la diga di Costa Morena (500 m) si sviluppa il sistema, a mezzo nastro e tubature, per lo sbarco dei prodotti destinati all'alimentazione delle centrali elettriche di Brindisi sud e nord. A Punta delle Terrare sono operativi 270 m di banchine per il traffico ro-ro con possibilità di ormeggio contemporaneo di cinque navi.
Il portoesterno ha vocazione principalmente industriale e in esso sono installate strutture destinate allo sbarco di prodotti destinati agli stabilimenti del polo industriale chimico. Complessivamente il porto di Brindisi dispone di 21 banchine commerciali per uno sviluppo lineare di oltre 3.700 m.

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